La mayor parte del área de Planeación Fronteriza Internacional ha sido desarrollada y también contiene cantidades sustanciales de hábitat perturbado como se puede ver en el Mapa 12. Estos tipos de vegetación y ocupación del territorio están confinados casi enteramente a los dos tercios occidentales del área de planeación y representan un desarrollo rápido que se ha llevado a cabo alrededor de Tijuana y Mesa de Otay desde la Segunda Guerra Mundial. Más de la tercera parte del este del área de planeación está ocupada en su mayoría por maleza de salvia costera y vegetación chaparral relativamente sin perturbar. Esta área también contiene cantidades sustanciales de bosque de cipreses costeros del sur, especialmente en la cercanía de la Montaña Otay, la cual está dentro del Programa de Preservación de Especies Mœltiples (MSCP, por sus siglas en inglés) regional. A fines de 1999, aproximadamente 7,493 hect‡reas (18,500 acres) de la Montaña Otay y tierras circundantes fueron designadas por el gobierno federal de los Estados Unidos como el área Silvestre de la Montaña Otay para preservar el hábitat (ubicación indicada en el Mapa 3). La maleza de salvia costera en esta parte del área de planeación y en otras partes provee un hábitat crítico a un gran número de especies raras, amenazadas y en peligro de extinción, la más notable el pájaro cantor de California (Polioptila californica californica). Además, esta región del área de planeación funciona como un enlace de dispersión vital para el pájaro cantor de California y otras especies entre los Estados Unidos y México alrededor del sector del oeste densamente desarrollado. El área Silvestre de la Montaña Otay también es hogar para aproximadamente 20 especies de plantas sensitivas, incluyendo el singular ciprés Tecate (Cupressus forbesii). El bosque ribereño remanente y la vegetación de maleza ocurre esporádicamente a lo largo del Río Alamar que forma la frontera sureste del área de Planeación Fronteriza Internacional.
Las dos terceras partes del oeste del área de planeación contienen otras muestras de los tipos de vegetación amenazada que merecen atención seria para su protección. Un área sustancial de maleza carnosa marítima y vegetación de maleza de salvia costera permanecen en el lado estadounidense de la frontera inmediatamente al norte de San Ysidro y al oeste de la autopista Interestatal 805. Asimismo, un hábitat de vida silvestre sumamente valioso es proporcionado por varios tipos de vegetación ribereña y de humedales (por ej., maleza ribereña, pantanos de agua dulce y salinas costeras del sur) que también ocurren en la parte estadounidense del área de planeación en el Valle del Río Tijuana.
Localizado en la boca del Río Tijuana, el Estuario del Río Tijuana es una de las pocas salinas que prevalecen en el Sur de California y el norte de Baja California. El sitio de aproximadamente 1,000 hectáreas (2,500 acres) es un territorio esencial para reproducir, alimentar, dar nido y un punto clave de parada en la ruta migratoria del Pacífico para más de 370 especies de aves. El estuario mantiene una diversidad amplia de plantas, incluyendo la planta "pico de pájaro" (Cordylanthus maritmus ssp maritimus) de la salina en peligro de extinción. El pasto marino (Spartina foliosa) de California forma áreas robustas de plantas a lo largo de los canales de las mareas en los alcances del norte (elevaciones más bajas) del estuario. A elevaciones ligeramente más altas arriba de la comunidad dominada por el pasto spartina se encuentran varias plantas carnosas, incluyendo el vinagrillo (Salicornia spp.) y el batis (Batis maritima). En elevaciones más altas dentro del estuario, estas plantas carnosas se cruzan y cambian a una cubierta de pasto costero (Monanthochloë littoralis). En las elevaciones todavía más altas, el vinagrillo domina conjuntamente con el pasto costero.
Otro hábitat importante en el área de Planeación Fronteriza Internacional es el de los estanques vernales. Estos son depresiones en superficies niveladas o suavemente empinadas que se llenan con agua cada temporada lluviosa y contienen colecciones singulares de animales y plantas, incluyendo la menta de Otay Mesa (Pogogyne nudiuscula) y el camarón de San Diego (Branchinecta sandiegoensis) que se encuentran en la lista de especies en peligro de extinción de los Estados Unidos. La tierra ocupada por los hábitats de estanques vernales se encuentra en ‡reas que son altamente desarrollables. La mayoría de los estanques vernales han sido destruidos o sumamente perturbados en el área de planeación. Los remanentes de este hábitat se pueden encontrar en Otay Mesa y, quizás, en la Mesa de Otay.
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| Experimento de restauración en el estuario de Tijuana con Imperial Beach al fondo. 1999. |
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| Puente en la Autopista Federal 1D sobre el Río Alamar en la orilla sur del Área de Planeación Fronteriza Internacional. Nótese la vegetación riparia. 2000. |
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